RSG France | 10 Jun 11:15
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Journée JeBiF: fin des inscriptions ce lundi 13 juin (+ soirée)


Bonjour,

L'association des Jeunes Bioinformaticiens de France (RSG France - JeBiF)
organise une journée satellite sous la forme de tables-rondes et de
présentations afin de discuter des métiers et carrières de la 
bioinformatique. Cette journée se déroulera à l'Institut Pasteur 
le lundi 27 juin 2011 à partir de 9h.

Toutes les informations, incluant la liste des intervenants contribuant à
cette journée, sont disponibles sur http://jebif.fr

L'inscription est gratuite et indépendante de l'inscription à JOBIM.
Elle se fait par courriel à cette adresse iscb.rsg.france-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org.

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Date limite d'inscription : lundi 13 juin
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Nous organisons également une soirée JeBiF dans une pizzeria 
près de Pasteur à l'issue de cette journée. Si vous souhaitez y
participer, merci d'envoyer un mel à iscb.rsg.france-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org 
avant le 19 juin (pour que nous puissions réserver le restaurant,
dans la limite de 45 places).


Programme :

9.00  - 9.30 Introduction de la journée
9.30  - 10.15 I. La bioinformatique dans le privé

10.15 - 10.45 Pause

10.45 - 11.30 II. Transferts de technologies et brevetage
11.30 - 12.15 III. Les passerelles public/privé

12.15 - 14.15 Repas

14.15 - 14.30 Interlude associatif
14.30 - 15.15 IV. Le recrutement dans le public
15.15 - 16.00 V. La recherche à l'international

16.00 - 16.30 Pause

16.30 - 17.15 VI. Retourner en France après un séjour à l'étranger
17.15 - 17.45 Présentation : "Etre bioinformaticien
              à l'heure des réseaux sociaux et du web 2.0"
17.50 18.00 Clôture de la journée


Comité d'organisation : 
Anne-Laure Abraham, ENS, Paris, France
Virginie Bernard, University of British Colombia, Vancouver, BC, Canada
Guilhem Chalancon, ENS Cachan/Université Evry-Val d'Essonne, France
Matthieu Chavent, Institut de Biologie Physico-Chimique, Paris, France
Sylvain Léonard, INSERM UMR S-665 équipe DSIMB, Paris, France
Magali Michaut, University of Toronto, ON, Canada


A très vite !
L'association JeBiF (RSG-France)

anne-laure abraham | 22 Oct 10:08
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qualifs

Bonjour

Voilà un petit rappel car j'ai failli laisser passer la date et je ne
suis peut être pas la seule.
Pour les qualifs 2011, il faut s'inscrire avant le jeudi 28 octobre
2010, 16 h (heure de Paris) (il reste moins d'une semaine)
Les dossiers sont à envoyer au plus tard le vendredi 17 décembre 2010.
Toutes les infos sur le site galaxie :
https://www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/candidats.html

Bonne inscription
Anne-Laure
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Bioinfo-discuss <at> jebif.fr
Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss
Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
florian sikora | 23 Feb 20:39
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Avis biologique sur PPI networks...

Bonjour à tous,

étant informaticien, un problème me semble interessant de manière 
algorithmique. Cependant, j'aimerai avoir l'avis de quelqu'un ayant des 
connaissances en biologie (plus particulière sur les réseaux biologiques 
(PPI networks, réseaux métaboliques,...) afin de pouvoir "valider" ce 
problème ;)

Si quelqu'un peut me répondre par mail directement.. ;)

Merci d'avance,

--
Florian
nicolas Descostes | 16 Feb 09:20
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FW: [Jebif-Membres] bourse de thèse

Bonjour,

Savez-vous si il y a des bourses de thèses spécifiques à la bioinfo au  niveau français (en plus des annonces publiées sur bioinformatics.fr) ? où postuler et quand? J'ai entendu aussi qu'il y avait des financements bioinfos au niveau de l'Union Européenne, rumeurs de couloirs de labo ou réalité?

Merci par avance.

Nicolas



Faites une bonne action avec Bing Solidaire ! C'est ici !
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http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/membres

Vercherat Eric | 10 Feb 10:20
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Re: Bioinfo-discuss Digest, Vol 4, Issue 5

Bonjour,

Je me permets de relancer le sujet ...

Tout d'abord sur le plan technique : j'utilise Thunderbird et tous les accents sautent et sont remplacés par le fameux point d'interrogation ... Cela ne vient pas de ma configuration tout le reste fonctionne parfaitement ;)
Cela ne me donne pas franchement envie de lire les mails ...

Par ailleurs, je suis totalement pour l'idée d'utiliser les technologies du Web 2.0 comme les blogs, beaucoup plus modernes que la mailing list. Pourquoi ne pas explorer cette voie ? Un blog Jebif me semble parfait pour lancer des débats, aucune contrainte d'inscription et accès simplifié à la totalité du débat. Un feed twitter pourrait alimenter le blog et, selon les blogs, des mails pourraient êtres envoyés à une liste de diffusion lors de la publication d'un nouveau billet ... Les membres pourraient suggérer des "billets" aux administrateurs.

Certes l'information n'arrive pas directement dans la boîte aux lettres des membres, mais si les membres vont chercher l'information cela n'-t-il pas plus de valeur ?

J'ai aussi remarqué que le site internet Jebif ne dispose pas de feed RSS, est-il possible d'en ajouter un ? Je pense que c'est réalisable sous Joomla ;)

Enfin, l'association Jebif ne dispose d'aucun compte Twitter ou Facebook (je ne les ai pas trouvé en tout cas :) ), pourquoi ne pas les créer pour augmenter la visibilité de l'association ?

Je suis conscient du temps que cela peut prendre et je veux bien y participer si vous vous lancez dans cette aventure.

Cordialement,
Bonne continuation.

Eric

bioinfo-discuss-request-+OPISJqF0+I@public.gmane.org a écrit :
Send Bioinfo-discuss mailing list submissions to bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss or, via email, send a message with subject or body 'help' to bioinfo-discuss-request-+OPISJqF0+I@public.gmane.org You can reach the person managing the list at bioinfo-discuss-owner-+OPISJqF0+I@public.gmane.org When replying, please edit your Subject line so it is more specific than "Re: Contents of Bioinfo-discuss digest..." Today's Topics: 1. Pourquoi une mailing liste ? (Pierre LINDENBAUM) 2. Re: Pourquoi une mailing liste ? (Magali Michaut) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sat, 7 Nov 2009 09:55:39 +0000 (GMT) From: Pierre LINDENBAUM <plindenbaum-Qt13gs6zZMY@public.gmane.org> To: bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subject: [Bioinfo-discuss] Pourquoi une mailing liste ? Message-ID: <183235.60105.qm-9paGR9T9ke3GRxTy+Q50vsz6deESKz/lQQ4Iyu8u01E@public.gmane.org> Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 Bonjour, un message qui je l'esp?re sera constructif. Pourquoi une nouvelle mailing liste ? De nos jours, de nombreux moyens de communication permettent de discuter au sein d'une communaut? sans avoir besoin de s'abonner ? une nouvelle liste et de recevoir de nouveaux mails ? longueur de journ?e. Parmi ces moyens, je citerai http://twitter.com et http://friendfeed.com . D?lire de geek ? Pas du tout: ?a marche: http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674%2809%2901305-1 http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000263 http://friendfeed.com/the-life-scientists http://friendfeed.com/the-life-scientists/e2d349dd http://friendfeed.com/science-2-0/36977d83 http://friendfeed.com/cameronneylon/9875b15c http://friendfeed.com/rajarshi/38e6ac87/ons-challenge-visualizing-chemical-space http://friendfeed.com/rooms/references-wanted (...) et l'avantage, c'est que les id?es, les conversations ne sont pas partag?es par un petit groupe, mais sont accessibles ? d'autres (anglophones, physiciens, etc... ) ... my two cents... Pierre Lindenbaum ------------------------------ Message: 2 Date: Sat, 07 Nov 2009 08:29:59 -0500 From: Magali Michaut <magali.michaut.rsg-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> To: Pierre LINDENBAUM <plindenbaum-Qt13gs6zZMY@public.gmane.org> Cc: bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subject: Re: [Bioinfo-discuss] Pourquoi une mailing liste ? Message-ID: <4AF57657.8050600-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed Bonjour Pierre, Merci pour ton message. Effectivement d'autres moyens de communication se d?veloppent mais je pense qu'ils sont compl?mentaires ? notre projet. J'ai lu r?cemment le papier dans Cell sur Twitter et me suis dit que j'allais essayer (merci pour les autres r?f?rence que je vais consulter). J'ai aussi suivi les FriendFeed pendant ISMB. Donc oui, je trouve ceci tr?s int?ressant et pas un d?lire de geek (ou alors un d?lire partag?...). Le point principal, il me semble, est que cette liste vise la communaut? bioinfo en France (ou en tout cas francophone). Ceci permet de renforcer les liens entre les bioinformaticiens en France et cela me para?t un point int?ressant. D'autre part, recevoir des mels ? longueur de journ?e peut ?tre un inconv?nient, mais c'est aussi un avantage car l'information arrive directement dans notre bo?te sans qu'on aille la chercher. Allez consulter les messages FriendFeed ou Twitter, je pense que pour beaucoup ?a marche au d?but, et puis rapidement, on ne le fait plus. Je pense que les media type FriendFeed et Twitter ont l'avantage d'?tre plus ouverts et plus diversifi?s (un avantage ? condition de bien choisir ce qui nous int?resse) mais je crois qu'ils laissent de c?t? une partie de la communaut? ? cause de l'anglais et ? cause de l'aspect nouveau en termes de mode de communication. Certes il faut pousser les gens ? se mettre ? l'anglais et ? profiter des nouveaux media, mais dans l'imm?diat, je pense que la liste de discussion ? sa place et un int?r?t compl?mentaire. A bient?t, sur FriendFeed ou Twitter peut-?tre, Magali Pierre LINDENBAUM a ?crit :
Bonjour, un message qui je l'esp?re sera constructif. Pourquoi une nouvelle mailing liste ? De nos jours, de nombreux moyens de communication permettent de discuter au sein d'une communaut? sans avoir besoin de s'abonner ? une nouvelle liste et de recevoir de nouveaux mails ? longueur de journ?e. Parmi ces moyens, je citerai http://twitter.com et http://friendfeed.com . D?lire de geek ? Pas du tout: ?a marche: http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674%2809%2901305-1 http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000263 http://friendfeed.com/the-life-scientists http://friendfeed.com/the-life-scientists/e2d349dd http://friendfeed.com/science-2-0/36977d83 http://friendfeed.com/cameronneylon/9875b15c http://friendfeed.com/rajarshi/38e6ac87/ons-challenge-visualizing-chemical-space http://friendfeed.com/rooms/references-wanted (...) et l'avantage, c'est que les id?es, les conversations ne sont pas partag?es par un petit groupe, mais sont accessibles ? d'autres (anglophones, physiciens, etc... ) ... my two cents... Pierre Lindenbaum _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
------------------------------ _______________________________________________ Bioinfo-discuss mailing list Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss End of Bioinfo-discuss Digest, Vol 4, Issue 4 *********************************************


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Vercherat Eric - Bioinformaticien
Unité de Recherche Clinique - Paris Ouest
Hôpital Ambroise Paré
9, avenue Charles-de-Gaulle
92 BOULOGNE-BILLANCOURT

Courriel: eric.vercherat-HCFMsE0EOZtWj0EZb7rXcA@public.gmane.org
Tel: 01.49.09.56.68
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David Thybert | 3 Feb 20:51
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Magali Michaut | 16 Jan 15:56
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Enquête sur le financement du postdoc

Bonjour à tous,

Voici pour information les résultats d'une enquête sur le financement du 
postdoc, réalisée en octobre dernier par l'association La Toile des 
biologistes auprès des inscrits du site (http://biotoile2.ujf-grenoble.fr).

Vous trouverez les résultats représentés graphiquement sur 
http://biotoile2.ujf-grenoble.fr/enquete.php

Les questions étaient :
1) DANS QUEL PAYS AVEZ-VOUS FAIT VOTRE POSTDOC ?
2) COMMENT AVEZ-VOUS TROUVE VOTRE POSTDOC ?
3) COMMENT AVEZ-VOUS OBTENU VOTRE FINANCEMENT ?
4) QUEL TYPE DE FINANCEMENT AVEZ-VOUS OBTENU ?
5) COMBIEN DE FINANCEMENT AVEZ EU PENDANT VOS ANNEES DEPOSTDOCS ?
6) MONTANT MENSUEL NET DE VOS REVENUS DE POSTDOC
7) VOTRE AVIS SUR LES FINANCEMENTS ? EVOLUTIONS ? CONNAISSANCE DES BOURSES

Bonne lecture !

Magali
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ISCB RSG-France | 14 Jan 04:56
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Idées pour un évènement satellite lors de Jobim ?

Bonjour à tous,

L’association JeBiF est en train de réfléchir à l’organisation d’un évènement lors de JOBIM en septembre prochain à Montpellier. Si vous avez des idées ou des envies particulières, si vous pensez que certains projets seraient bénéfiques (que vous soyez concernés ou non), n’hésitez pas à nous le dire.

Il peut s’agir, par exemple, d’une intervention sur formation/carrière/emploi (CV, recrutement, entreprises, métiers..) ou plutôt scientifique (les outils en bioinfo, discussion sur les différentes conférences…).

N’hésitez pas à répondre à ce message ou à nous contacter directement par mel (adresse d'envoi).

D'avance merci,
L’équipe du RSG-France (JeBiF)

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Michaël HEYMANN | 21 Dec 18:52
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Analyse en composantes principales

Bonjour à tous,

Je travaille actuellement sur un projet dans lequel je souhaite faire
des analyses en composantes principales.
Pour le moment je me débrouille avec les fonctions de base de R comme
prcomp par exemple. Pour les graphes, j'y vais à coups de screeplot et
biplot.

Est-ce que quelqu'un pourrait éventuellement me conseiller un module
orienté ACP ou carrément un autre outil que R (libre si possible) qui
permette d'aboutir facilement à des graphes un peu plus sexy que ceux de
base voire qui permettrait une certaine interactivité ? Je pense
notamment à une exploration 3D si l'on veut une représentation pour 3
composantes principales en même temps.
Pour ma culture personnelle et une éventuelle utilisation future, je
suis aussi preneur de librairies de programmation efficaces pour ce
genre d'analyses (quel que soit le langage de programmation).

Merci d'avance pour vos conseils.

--

-- 
Michaël HEYMANN, PhD
Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP)
Ecole Normale Supérieure de Lyon
46, Allée d'Italie 69364 Lyon Cedex 07 - France
Tél: +33 (0)4.37.28.74.72
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Nicolas Mattiuzzo | 21 Dec 18:06
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Comparaison de donnees de Solexa

Bonjour,
J'ai un petit souci, si quelqu'un peut aider... Je viens d'arriver
dans une équipe travaillant sur des données de séquencage haut débit
(solexa, donc séquences courtes). Le bioinformaticien de l'équipe a
trouvé plusieurs logiciels, dont Bowtie/Tophat et Cufflinks
(http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html) pour faire l'assemblage
des données, mais peine à trouver un outil / test statistique afin de
comparer les données issues de divers types cellulaires. Le but serait
d'identifier non pas les gènes, mais les transcrits (variants
d'épissage) différentiellement exprimés entre les deux échantillons.
Je ne suis pas moi-même bioinformaticien de formation, et je n'ai
jamais travaillé sur ce type de données, j'aimerais filer un coup de
main mais je sèche un peu. Quelqu'un aurait une idée, une piste, ou au
moins le même problème?
Merci d'avance!
Nicolas Mattiuzzo

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jedwed inconnu | 17 Dec 13:46
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Demande de renseignements

Bonjour,

Je suis à la recherche d'un emploi stable (CDI). J'ai tenté les concours INRA, CNRS, INSERM à plusieurs reprises mais cela n'a pas aboutit. Depuis l'obtention de mon diplôme (Master Ingénierie Génomique Fonctionnelle, paris 7), j'ai toujours travaillé en tant que CDD.

Aujourd'hui je pense très fortement à exercer le métier de bioinformaticien à l'étranger (Angleterre, Canada) pour une période de 6 mois à un an.
Je pense que partir à l'étranger constituera un plus sur mon CV et que cela pourra peut être m'ouvrir certaines portes...Qu'en pensez vous? Certaines personnes ont-ils procédé ainsi?

Un entretien n'est pas un exercice facile, il le sera d'autant plus à l'étranger car je n'ai pas encore atteint un niveau d'anglais me permettant d'assurer un entretien, cependant j'y travaille.

A ce sujet, j'aimerais avoir vos commentaires. Pensez vous qu'il est préférable que je passe par un stage en bioinformatique dans un institut tel que EBI? (j’ai lu que certaines personnes n’hésite pas à travailler au pair afin de perfectionner leur niveau d’anglais pour ensuite postuler dans leur domaine). Où faut-il que je postule directement? Pensez vous que j'ai une réelle chance d'être prise?

Merci par avance.

Jedwed

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Gmane