Journée JeBiF: fin des inscriptions ce lundi 13 juin (+ soirée)
Bonjour Voilà un petit rappel car j'ai failli laisser passer la date et je ne suis peut être pas la seule. Pour les qualifs 2011, il faut s'inscrire avant le jeudi 28 octobre 2010, 16 h (heure de Paris) (il reste moins d'une semaine) Les dossiers sont à envoyer au plus tard le vendredi 17 décembre 2010. Toutes les infos sur le site galaxie : https://www.galaxie.enseignementsup-recherche.gouv.fr/ensup/candidats.html Bonne inscription Anne-Laure _______________________________________________ Bioinfo-discuss <at> jebif.fr Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
Bonjour à tous, étant informaticien, un problème me semble interessant de manière algorithmique. Cependant, j'aimerai avoir l'avis de quelqu'un ayant des connaissances en biologie (plus particulière sur les réseaux biologiques (PPI networks, réseaux métaboliques,...) afin de pouvoir "valider" ce problème ;) Si quelqu'un peut me répondre par mail directement.. ;) Merci d'avance, -- Florian
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Send Bioinfo-discuss mailing list submissions to bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss or, via email, send a message with subject or body 'help' to bioinfo-discuss-request-+OPISJqF0+I@public.gmane.org You can reach the person managing the list at bioinfo-discuss-owner-+OPISJqF0+I@public.gmane.org When replying, please edit your Subject line so it is more specific than "Re: Contents of Bioinfo-discuss digest..." Today's Topics: 1. Pourquoi une mailing liste ? (Pierre LINDENBAUM) 2. Re: Pourquoi une mailing liste ? (Magali Michaut) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Sat, 7 Nov 2009 09:55:39 +0000 (GMT) From: Pierre LINDENBAUM <plindenbaum-Qt13gs6zZMY@public.gmane.org> To: bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subject: [Bioinfo-discuss] Pourquoi une mailing liste ? Message-ID: <183235.60105.qm-9paGR9T9ke3GRxTy+Q50vsz6deESKz/lQQ4Iyu8u01E@public.gmane.org> Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 Bonjour, un message qui je l'esp?re sera constructif. Pourquoi une nouvelle mailing liste ? De nos jours, de nombreux moyens de communication permettent de discuter au sein d'une communaut? sans avoir besoin de s'abonner ? une nouvelle liste et de recevoir de nouveaux mails ? longueur de journ?e. Parmi ces moyens, je citerai http://twitter.com et http://friendfeed.com . D?lire de geek ? Pas du tout: ?a marche: http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674%2809%2901305-1 http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000263 http://friendfeed.com/the-life-scientists http://friendfeed.com/the-life-scientists/e2d349dd http://friendfeed.com/science-2-0/36977d83 http://friendfeed.com/cameronneylon/9875b15c http://friendfeed.com/rajarshi/38e6ac87/ons-challenge-visualizing-chemical-space http://friendfeed.com/rooms/references-wanted (...) et l'avantage, c'est que les id?es, les conversations ne sont pas partag?es par un petit groupe, mais sont accessibles ? d'autres (anglophones, physiciens, etc... ) ... my two cents... Pierre Lindenbaum ------------------------------ Message: 2 Date: Sat, 07 Nov 2009 08:29:59 -0500 From: Magali Michaut <magali.michaut.rsg-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> To: Pierre LINDENBAUM <plindenbaum-Qt13gs6zZMY@public.gmane.org> Cc: bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subject: Re: [Bioinfo-discuss] Pourquoi une mailing liste ? Message-ID: <4AF57657.8050600-Re5JQEeQqe8AvxtiuMwx3w@public.gmane.org> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed Bonjour Pierre, Merci pour ton message. Effectivement d'autres moyens de communication se d?veloppent mais je pense qu'ils sont compl?mentaires ? notre projet. J'ai lu r?cemment le papier dans Cell sur Twitter et me suis dit que j'allais essayer (merci pour les autres r?f?rence que je vais consulter). J'ai aussi suivi les FriendFeed pendant ISMB. Donc oui, je trouve ceci tr?s int?ressant et pas un d?lire de geek (ou alors un d?lire partag?...). Le point principal, il me semble, est que cette liste vise la communaut? bioinfo en France (ou en tout cas francophone). Ceci permet de renforcer les liens entre les bioinformaticiens en France et cela me para?t un point int?ressant. D'autre part, recevoir des mels ? longueur de journ?e peut ?tre un inconv?nient, mais c'est aussi un avantage car l'information arrive directement dans notre bo?te sans qu'on aille la chercher. Allez consulter les messages FriendFeed ou Twitter, je pense que pour beaucoup ?a marche au d?but, et puis rapidement, on ne le fait plus. Je pense que les media type FriendFeed et Twitter ont l'avantage d'?tre plus ouverts et plus diversifi?s (un avantage ? condition de bien choisir ce qui nous int?resse) mais je crois qu'ils laissent de c?t? une partie de la communaut? ? cause de l'anglais et ? cause de l'aspect nouveau en termes de mode de communication. Certes il faut pousser les gens ? se mettre ? l'anglais et ? profiter des nouveaux media, mais dans l'imm?diat, je pense que la liste de discussion ? sa place et un int?r?t compl?mentaire. A bient?t, sur FriendFeed ou Twitter peut-?tre, Magali Pierre LINDENBAUM a ?crit :Bonjour, un message qui je l'esp?re sera constructif. Pourquoi une nouvelle mailing liste ? De nos jours, de nombreux moyens de communication permettent de discuter au sein d'une communaut? sans avoir besoin de s'abonner ? une nouvelle liste et de recevoir de nouveaux mails ? longueur de journ?e. Parmi ces moyens, je citerai http://twitter.com et http://friendfeed.com . D?lire de geek ? Pas du tout: ?a marche: http://www.cell.com/fulltext/S0092-8674%2809%2901305-1 http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1000263 http://friendfeed.com/the-life-scientists http://friendfeed.com/the-life-scientists/e2d349dd http://friendfeed.com/science-2-0/36977d83 http://friendfeed.com/cameronneylon/9875b15c http://friendfeed.com/rajarshi/38e6ac87/ons-challenge-visualizing-chemical-space http://friendfeed.com/rooms/references-wanted (...) et l'avantage, c'est que les id?es, les conversations ne sont pas partag?es par un petit groupe, mais sont accessibles ? d'autres (anglophones, physiciens, etc... ) ... my two cents... Pierre Lindenbaum _______________________________________________ Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss------------------------------ _______________________________________________ Bioinfo-discuss mailing list Bioinfo-discuss-+OPISJqF0+I@public.gmane.org http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss End of Bioinfo-discuss Digest, Vol 4, Issue 4 *********************************************
Bonjour à tous, Voici pour information les résultats d'une enquête sur le financement du postdoc, réalisée en octobre dernier par l'association La Toile des biologistes auprès des inscrits du site (http://biotoile2.ujf-grenoble.fr). Vous trouverez les résultats représentés graphiquement sur http://biotoile2.ujf-grenoble.fr/enquete.php Les questions étaient : 1) DANS QUEL PAYS AVEZ-VOUS FAIT VOTRE POSTDOC ? 2) COMMENT AVEZ-VOUS TROUVE VOTRE POSTDOC ? 3) COMMENT AVEZ-VOUS OBTENU VOTRE FINANCEMENT ? 4) QUEL TYPE DE FINANCEMENT AVEZ-VOUS OBTENU ? 5) COMBIEN DE FINANCEMENT AVEZ EU PENDANT VOS ANNEES DEPOSTDOCS ? 6) MONTANT MENSUEL NET DE VOS REVENUS DE POSTDOC 7) VOTRE AVIS SUR LES FINANCEMENTS ? EVOLUTIONS ? CONNAISSANCE DES BOURSES Bonne lecture ! Magali _______________________________________________ Bioinfo-discuss@... Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
Bonjour à tous,
L’association JeBiF est en train de réfléchir à l’organisation d’un évènement lors de JOBIM en septembre prochain à Montpellier. Si vous avez des idées ou des envies particulières, si vous pensez que certains projets seraient bénéfiques (que vous soyez concernés ou non), n’hésitez pas à nous le dire.
Il peut s’agir, par exemple, d’une intervention sur formation/carrière/emploi (CV, recrutement, entreprises, métiers..) ou plutôt scientifique (les outils en bioinfo, discussion sur les différentes conférences…).
N’hésitez pas à répondre à ce message ou à nous contacter directement par mel (adresse d'envoi).
D'avance merci,
L’équipe du RSG-France (JeBiF)
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Bonjour à tous, Je travaille actuellement sur un projet dans lequel je souhaite faire des analyses en composantes principales. Pour le moment je me débrouille avec les fonctions de base de R comme prcomp par exemple. Pour les graphes, j'y vais à coups de screeplot et biplot. Est-ce que quelqu'un pourrait éventuellement me conseiller un module orienté ACP ou carrément un autre outil que R (libre si possible) qui permette d'aboutir facilement à des graphes un peu plus sexy que ceux de base voire qui permettrait une certaine interactivité ? Je pense notamment à une exploration 3D si l'on veut une représentation pour 3 composantes principales en même temps. Pour ma culture personnelle et une éventuelle utilisation future, je suis aussi preneur de librairies de programmation efficaces pour ce genre d'analyses (quel que soit le langage de programmation). Merci d'avance pour vos conseils. -- -- Michaël HEYMANN, PhD Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP) Ecole Normale Supérieure de Lyon 46, Allée d'Italie 69364 Lyon Cedex 07 - France Tél: +33 (0)4.37.28.74.72 _______________________________________________ Bioinfo-discuss@... Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
Bonjour, J'ai un petit souci, si quelqu'un peut aider... Je viens d'arriver dans une équipe travaillant sur des données de séquencage haut débit (solexa, donc séquences courtes). Le bioinformaticien de l'équipe a trouvé plusieurs logiciels, dont Bowtie/Tophat et Cufflinks (http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html) pour faire l'assemblage des données, mais peine à trouver un outil / test statistique afin de comparer les données issues de divers types cellulaires. Le but serait d'identifier non pas les gènes, mais les transcrits (variants d'épissage) différentiellement exprimés entre les deux échantillons. Je ne suis pas moi-même bioinformaticien de formation, et je n'ai jamais travaillé sur ce type de données, j'aimerais filer un coup de main mais je sèche un peu. Quelqu'un aurait une idée, une piste, ou au moins le même problème? Merci d'avance! Nicolas Mattiuzzo nicolas.mattiuzzo@... _______________________________________________ Bioinfo-discuss@... Subscription options: http://lists.jebif.fr/mailman/listinfo/bioinfo-discuss Web interface: http://lists.jebif.fr/bioinfo-discuss
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